Afin de faciliter l’étude des génomes complexes dans leur globalité le CNRGV s’est doté de la technologie Irys® de BioNano Genomics. Cette technologie permet la construction rapide de cartes physiques.

Afin de faciliter l’étude des génomes complexes dans leur globalité le CNRGV s’est doté de la technologie Irys® de BioNano Genomics ( http://bionanogenomics.com/). Cette technologie permet la construction rapide de cartes physiques qui sont très utiles pour l’assemblage des génomes et l’étude des variations structurales entre différentes génotypes.

Les cartes optiques ou Optical Mapping sont basées sur la visualisation directe de molécules d’ADN de plusieurs centaines de kilobases marquées sur des sites spécifiques. Une seule puce, composée de deux cellules à flux ou flowcells, a un débit de 50 à 100 Gb. Un minimum de 50X de couverture est préconisé pour un assemblage de novo d’un génome.

Le CNRGV a déjà planifié l’analyse de plusieurs génomes et a commencé avec l’analyse du génome du Tournesol dans le cadre du projet SUNRISE ( http://www.sunrise-project.fr/).

Publications

Xiao, Shijun, et al. Rapid construction of genome map forlarge yellow croaker (Larimichthys crocea) by the whole-genome mapping in BioNano Genomics Irys system. BMC Genomics (2015); 16:670

Hastie, A.R., et al. Rapid Genome Mapping in Nanochannel Arrays for Highly Complete and Accurate De Novo Sequence Assembly of the Complex Aegilops tauschii Genome. PLoS ONE (2013); 8(2): e55864

Lam, E.T., et al. Genome mapping on Nanochannel arrays for structural variation analysis and sequence assembly. Nature Biotechnology (2012); 30(8):771

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