Solutions pour l'analyse et le criblage des banques

Stations robotiques de pipetage à haut débit

  •  Production de pools bactériens
  •  Préparation haut débit de PCR
  •  Extraction automatisée d'ADN

Janus

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Criblage de banque génomique et analyse d'échantillons ADN

PCRq - RT PCR

  • PCR classique : Blocs PCR 384 et 96 Veriti de Applied Biosystems
  • PCR quantitative et PCR en temps réel : Le LightCycler 480 de Roche et le CFX384 de Bio-Rad sont utilisés notamment pour réaliser les criblages de pools 2 et 3 dimensions.

Analyse de banque génomique

  •  "Gridding View" : Station automatisée d’analyse des tests biologiques dévéloppé à façon pour le CNRGV par Explora Nova. Ce système est utilisé pour vérifier la qualité des banques en mesurant la croissance bactérienne, le taux de contaminations microbiologiques, et en déterminant l'absence ou la présence de phages
  •  Phosphoimageur dédié à l'acquisition des hybridations sur filtres haute densité
  •  Spectrophotomètre à plaques 96 et 384, utilisé pour les dosages ADN et ARN, et les mesures de croissance des cultures bactériennes

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Analyse des clones BACs

Le CNRGV s’est équipé d’un séquenceur 454 GS Junior (Roche) pour analyser les clones BAC sélectionnés à l’issue des criblages des banques génomiques. Les échantillons à analyser sont identifiés par des adaptateurs spécifiques afin d’être séquencés en mélange par la méthode de pyroséquençage. Le GS Junior permet d’obtenir environ 100 000 lectures de 400 à 500 bases qui seront assemblées pour couvrir au minimum 20 fois la séquence de chaque BAC analysé.

Un laboratoire a été dédié à l’installation du GS Junior et au matériel requis pour la préparation des librairies. Divisé en 2 espaces pré et post-PCR, il est notamment équipé d’un Covaris (modèle M220, Kbioscience) pour la fragmentation de l’ADN et d’un Bionalyzer 2100 (Agilent) pour vérifier la taille des fragments obtenus.

 

 

Sequenceur 2

Sequenceur 3

Sequenceur 1