Caractérisation de clones BAC

Le CNRGV propose différents services allant de l’extraction d’ADN de plante jusqu’à la caractérisation de régions génomiques impliquées dans des caractères d’intérêt agronomique. Dans cette optique, nous utilisons les nouvelles technologies de séquençage (NGS) afin d‘analyser et caractériser les clones BAC d’intérêt. Nous proposons plusieurs technologies de séquençage afin d’obtenir le meilleur assemblage possible.

Séquençage PacBio (Pacific Biosciences) : des lectures jusqu’à 60kb pour obtenir le meilleur assemblage

Cette technologie, disponible sur le marché des NGS depuis quelques années, permet d’obtenir une taille moyenne des lectures de 9 kb et jusqu’à 1Gb de données par run de séquençage. Les plus grandes lectures pouvant aller jusqu’à 60kb, ces données permettent d’améliorer grandement la qualité de l’assemblage.

L’ADN des clones BAC est préparé au CNRGV en appliquant un protocole permettant d’obtenir de l’ADN de très bonne qualité.  Différents clones BAC sont poolés avec ou sans identification et sont séquencés avec la chimie P6C4.

NGS PacBio sequencer

Un nouveau pipeline d’analyse a été mis en place afin d’analyser les données issues du séquençage PacBio dans le but d’optimiser l’assemblage. Les clones BAC sont ensuite individualisés grâce à l’alignement de leur BES (BAC Ends Sequences) sur les extrémités des séquences assemblées.

Équipement caractérisation de clone BAC

Le CNRGV dispose de l’équipement complet pour produire des matrices ADN destinées au séquençage (ADN génomique de très haut poids moléculaire, ADN extrait de clone BAC). Différents protocoles sont proposés pour s’adapter aux différents séquenceurs.

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