Banques BAC non réarrangées

Les banques BACs assurent une efficacité sur le long terme pour les analyses de génomes. Ses multiples utilisations, telles que le clonage positionnel, la cartographie physique ou le séquençage de génome, facilitent les projets sous plusieurs angles d’attaque. Cependant, l’investissement pour la construction d'une banque BAC est important si le seul but est de connaître une ou deux régions génomiques.

Afin de réduire les coûts et d’améliorer l'accès aux régions génomiques d'intérêt, le CNRGV a élaboré une stratégie de banque génomique ciblée. Les clones BACs de banques génomiques ciblées sont maintenus en mélange contenant environ 1000 à 3000 événements et criblés immédiatement après leur transformation. Cette approche permet l'isolement de clones d'intérêt, tout en évitant l'étape coûteuse et laborieuse d'organiser les clones BAC dans des microplaques.

Le CNRGV offre la possibilité de construire une banque BAC ciblée d'un génotype d’intérêt, en commençant par une couverture du génome de 1 ou 2 x (avec des inserts de taille moyenne autour de 110kb). Les mélanges sont ensuite criblés en utilisant des marqueurs spécifiques de la région d'intérêt, en utilisant la PCR en temps réel. Les clones BACs portant les marqueurs sont alors individualisés et peuvent être séquencés en utilisant les technologies de séquençage d’ADN nouvelle génération (pool de BACs séquencé avec la technologie Pacific Bioscience ).

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Les banques génomiques ciblées ont prouvé leur efficacité et sont notamment utiles dans les études sur la diversité de régions spécifiques entre différentes variétés de plantes.

Divers projets en collaboration sont basés sur cette stratégie :

Low coverage BAC libraries and BAC NGS sequencing : a powerful tool for comparative genomics of complex plant genomes - PAG 2015 (PDF poster)

La stratégie de banque BAC ciblée est un moyen efficace pour isoler votre région génomique d'intérêt et aussi d'explorer sa variabilité entre les génotypes / cultivars spécifiques.

Équipement Banque BAC non réarrangées

La stratégie de banques non réarrangées est adaptée pour rechercher une région génomique bien définie. Elle est particulièrement adaptée au génomes de grande taille.

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