Construction de banques d'ADN génomique de grands fragments (BAC)

BAC Library Construction service

Les banques de grands fragments d'ADN génomique (ou banques BAC) sont essentielles à l’étude des génomes. Le clonage des fragments d'ADN de grande taille dans des vecteurs BAC facilite leur manipulation et leur multiplication ainsi que leur conservation à long terme. Une banque BAC peut être utilisée pour identifier et isoler des gènes d'intérêt ou pour définir la cartographie physique et séquencer un génome.

Nous réalisons l’ensemble des étapes de construction des banques BAC, depuis l'extraction d’ADN à partir d’un tissu végétal jusqu’à la production de clones BAC réarrangés en microplaques :

  • Extraction de noyaux à partir de tissu de la plante d’intérêt afin de disposer d’ADN de haut poids moléculaire
  • Digestion partielle de l’ADN de haut poids moléculaire
  • Sélection des fragments d'ADN de 100 à 250 kb
  • Ligation dans un vecteur de clonage
  • Clonage dans une bactérie E. coli résistante au phage
  • Organisation des clones BAC en microplaques en utilisant une station robotique à haut débit
  • Contrôle qualité et caractérisation de la bibliothèque

Toutes les étapes sont tracées par Genolims, le système d’information du CNRGV.

Nous proposons différentes stratégies en fonction du degré de connaissance du génome de la plante étudiée.
Si la plante d'intérêt n’a jamais été étudiée au niveau génomique, la banque BAC constituera une première voie d’accès vers les gènes et les séquences d'intérêt.

En lien avec une carte génétique, une banque BAC constituera le point de départ pour établir la carte physique du génome et éventuellement le séquencer.

Si une séquence du génome de votre plante intérêt ou d’une espèce proche existe, en disposant d’une banque BAC, vous pourrez accéder à la diversité génétique d’écotypes ou d'espèces apparentées.

Le nombre de clones de la banque BAC et donc sa couverture seront définis en fonction des objectifs de votre projet.

La construction d’une banque BAC peut être couplée à la création de pools 3D ou de filtres haute-densité permettant de rechercher toutes séquences d’intérêt. Ce travail peut etre réalisé sous forme de service au CNRGV.

Divers projets concernant des plantes modèles ou de grandes cultures sont actuellement conduits au CNRGV.

Equipement Construction de banque BAC

Pour assurer la production des banques BACs, nous disposons de systèmes robotisés permettant la gestion haut-débit des clones BACs en plaques 384 puits.

L’étiquetage des microplaques par code-barre est assurée par un bras robotisé.

L’organisation des colonies dans ces microplaques « picking » est réalisé grâce à deux stations robotisées Q-Pix 2 (Molecular Devices).

Nos systèmes d’électrophorèse en champs pulsés nous permettent de séparer des molécules d’ADN de très haut poids moléculaires (de 50 kb à plusieurs Mb).

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