Du 9 au 10 Novembre a eu lieu, à Saint Pierre de la Réunion, la clôture du consortium du projet de séquençage du génome de la Vanille, Vanilla planifolia : VANISEQ, avec les différents partenaires impliqués.
Deux sociétés privés Eurovanille et Mane et les laboratoires de deux instituts publics, le Cirad ( UMR AGAP- plateforme bioinformatiqueSouthGreen à Montpellier et UMR PVBMT à La Réunion) et INRAE ( GeT-PlaGe et le CNRGV) ont collaborés au sein du consortium VANISEQ.
L’objectif principal du consortium était de produire une séquence de référence de haute qualité du génome de Vanilla planifolia (2Gb, 2n=32, hétérozygote). Ce génotype représente 90% de la production mondiale. Il est conservé dans la collection du CRB Vatel, maintenue par le Cirad.
William Marande, responsable du projet VANISEQ au CNRGV, a présenté notre contribution à l’amélioration de l’assemblage du génome.
Le CNRGV a réalisé les extractions d’ADN de hauts poids moléculaires destinés au séquençage Hifi Pacbio et à la production d’une carte optique.
Les séquences ont été produites par la plateforme Get-Plage puis assemblées par la plateforme bioinformatique SouthGreen à Montpellier.
En parallèle nous avons produit la carte optique du génome.
Nous avons intégré l’assemblage des séquences et la carte optique du génome pour obtenir un assemblage final continu de haute qualité. Ce travail a également permis de séparer les haplotypes de ce génome hétérozygote.
L’assemblage des données a été compliqué par le phénomène d’endoréplication partielle du génome, un phénomène spécifique des orchidées qui entraine des variations de la quantité d’ADN présent dans les cellules. Les longues lectures de séquences Hifi PacBio ont permis de palier à ce problème.
Le génome assemblé a ensuite été annoté par les bio-informaticiens du Cirad à Montpellier et à La Réunion.
Les données produites pourront être analysées et valorisées grâce à la plateforme de bioanalyse « genome hub » créé par le Cirad de Montpellier. Cette plateforme disponible en ligne permet d’accéder simplement à différents outils d’analyse de génomes (synténie, voie métabolique de la cellule …). Cet outil performant et complet sera mis à disposition de la communauté travaillant sur la Vanille.
Cette réunion a été l’occasion de faire le point sur l’ensemble des résultats, sur la publication à venir et sur les suites à apporter au projet. La production d’une version 2 du génome a été proposée et l’opportunité de séquencer d’autres génotypes a été discutée.
Pour plus d'informations sur le projet VANISEQ:
https://umr-pvbmt.cirad.fr/principaux-projets/vaniseq
https://www.processalimentaire.com/ingredients/eurovanille-sequence-le-genome-de-la-vanille-28431